Özel eğitim kurumlarının MEBBİS işlemlerinin çoğu, ilçe millî eğitim müdürlüğü (İlçe MEM) onayıyla kesinleşir: yeni personelin görevlendirmesi, öğrencinin kuruma kaydı, rapor işlemleri ve ay sonu ders bildirimi. Onay gelmeden ders girilemez ya da ödeme oluşmaz.
Onay süreleri ilçeye göre değişir; kurumlar ay sonu bildiriminde gecikmemek için belgeleri eksiksiz ve zamanında sunar. Ödeme akışı özetle şöyledir: kurum bildirimi → İlçe MEM onayı → ödeme.