MEBBİS, Millî Eğitim Bakanlığı’nın tüm okul ve kurumlar için kullandığı çevrimiçi yönetim sistemidir. Özel eğitim ve rehabilitasyon merkezleri için kritik modül, Özel Eğitim Modülü’dür: öğrenci kayıtları, RAM raporları, iş takvimi, ders girişleri ve aylık bildirimler burada tutulur. Ücretli birey ücretleri ise Özel Öğretim Kurumları Modülü’ne girilir.
Kurumun ödemeye esas ders bildirimi MEBBİS üzerinden ilçe millî eğitim müdürlüğünün onayına gider. Bu nedenle kurum içi yazılımla MEBBİS arasındaki uyum — aynı ders, aynı tarih, aynı eğitmen — kurumun en önemli operasyonel kontrolüdür.