Özel Eğitim Modülü, önceki adıyla "Engelli Birey Modülü", özel eğitim ve rehabilitasyon merkezlerinin MEBBİS’teki çalışma alanıdır. Öğrencinin RAM raporu bu modüle işlenir; kurum, öğrencinin programını ve modüllerini, haftalık iş takvimini ve verilen dersleri buraya girer. Ay sonunda ödemeye esas bildirim bu kayıtlardan oluşur.
2025 yönetmelik değişikliğiyle biyometrik giriş-çıkış kayıtlarının (BKDS) ders kayıtlarıyla eşleşmesi ödemeye esas hâle geldiği için, modüldeki ders saatlerinin gerçek ders saatleriyle birebir tutulması gerekir.